新疆在新冠疫情期间曾出现多次确诊病例新增情况。2020年2月15日，新疆（含兵团）报告新增确诊病例1例，来自吐鲁番市，同时新增治愈出院病例5例，累计确诊病例达71例，其中重症10例、危重症4例，5168人正在接受医学观察。同年7月疫情出现反弹，7月17日新增本土确诊16例，7月28日单日新增更是达到89例，主要集中在乌鲁木齐市，当时专家分析疫情可能与聚集性活动相关，且存在病毒来源不明确的问题。不过后续通过基因测序确定此次疫情为同一传染源暴露所致，采取全员核酸检测和严格管控后，新增病例从7月底的高峰逐渐下降，8月4日新增确诊降至22例，累计治愈病例不断增加。

除本土聚集性疫情外，新疆也曾出现输入关联病例。2020年10月30日至31日18时，新增无症状感染者61例，其中疏附县46例、阿克陶县15例，均为接受隔离医学观察人员，喀什地区及时完成第二轮全员核酸检测，除已公布病例外其余结果均为阴性。2021年10月，霍尔果斯市报告2例无症状感染者，母女二人均无风险地区旅居史，曾有多地活动轨迹，当地迅速启动封闭式管理和全员核酸检测，后续在兵团第四师62团又发现2例无症状感染者。

新疆在疫情防控中始终坚持“集中病例、集中专家、集中资源、集中救治”原则，实施分区分级精准防控，保障生活物资供应，最终实现826例确诊病例全部治愈出院、无一人死亡的成果，相关措施得到各族群众支持。这些经历也为后续疫情处置积累了“快速溯源、精准管控、全员筛查”的宝贵经验。