2020年6月16日0时至24时，北京新增报告本地确诊病例31例、疑似病例3例、无症状感染者6例。截至当日24时，累计报告本地确诊病例557例，累计出院411例，在院137例，累计死亡9例，尚在观察的无症状感染者12例。当日无新增境外输入确诊病例、疑似病例和无症状感染者，累计报告境外输入确诊病例174例，累计出院173例，在院1例。

新增的31例本地确诊病例中，东城区3例、西城区1例、海淀区3例、丰台区19例、大兴区5例。全市有11个区无本地报告新增确诊病例，其中平谷区自有疫情以来无报告病例，延庆区145天、怀柔区131天、顺义区129天、密云区126天、昌平区120天、通州区118天、朝阳区2天、石景山区2天、门头沟区1天、房山区1天。

此前一日（6月15日），北京新增的27例确诊病例均与新发地市场有关联，涉及多个省份户籍人员，包括餐馆工作人员、市场从业者及曾到市场采购人员，部分病例出现发热、咳嗽、腹泻等症状，临床分型以普通型和轻型为主。这些病例的流调信息显示，新发地市场作为当时疫情的集中传播点，关联病例涉及多个区域和职业群体，凸显了疫情防控中溯源和密接追踪的重要性。