内蒙古作为边境地区，境外输入疫情防控一直面临较大压力。2020年3月28日至29日，内蒙古新增境外输入确诊病例1例、疑似病例5例，其中确诊病例为乘坐CA934（巴黎-北京）航班分流至呼和浩特白塔国际机场的患者，5例疑似病例则乘坐CA984（洛杉矶-北京）航班分流而来。同年4月，内蒙古境外输入病例数显著增加，4月10日7时至11日9时新增27例确诊病例，均来自俄罗斯，经满洲里公路口岸入境；4月12日7时至16时又新增34例境外输入确诊病例，同样来自俄罗斯并经满洲里公路口岸入境。在无症状感染者方面，2021年6月1日7时至2日7时，内蒙古新增境外输入无症状感染者1例，由二连浩特公路口岸入境，截至当时全区共有境外输入无症状感染者1例。此外，2022年7月4日，内蒙古新增境外输入无症状感染者1例，由首都机场国际航班分流至呼和浩特白塔国际机场。面对境外输入疫情，内蒙古始终采取严格的闭环管理措施，所有境外输入病例及无症状感染者均在定点医院隔离治疗，密切接触者在指定场所集中隔离医学观察，严防疫情扩散蔓延。陆路口岸如满洲里、二连浩特等作为防控重点，多次因疫情临时关闭客运通道，强化边境巡逻和管控，体现了边境地区疫情防控的复杂性和艰巨性。