昆明曾在2022年3月和9月发生过两次疫情传播，其中3月疫情源头最终明确为吉林输入，而9月疫情源头始终未查清。

2022年3月，云南艺术学院两名学生自省外返昆后确诊，基因测序显示为奥密克戎变异株。流调发现两人2月28日乘坐KY8202航班抵昆，后续引发至少11名关联病例，包括同校学生及网约车司机等。尽管初期推测可能与山东或上海疫情外溢有关，但最终溯源确认疫情来源于吉林市。此次传播链主要围绕学校及周边商圈扩散，涉及壮王酸汤牛肉店、信源电竞酒店等多个聚集场所，累计追踪密切接触者超千人。

同年9月的疫情则呈现源头不明的复杂性。首发病例为网约车司机，9月25日因症状就医确诊，其行程涉及安宁市、西山区等多地，包括滇味小吃、铭昆充电站等高频活动点。随后在云南朗明印务有限公司出现聚集性感染，18名员工及5名家属确诊，占病例总数的78.3%。尽管基因测序显示毒株为奥密克戎BF.5进化分支，与缅甸输入病例高度同源，但传播链始终不清晰。官方通报明确“源头尚未查清”，且首发病例社会面轨迹复杂，存在较高扩散风险。

两次疫情防控均采取了快速响应措施，包括封控管理、大规模核酸检测和密切接触者追踪。3月疫情通过及时隔离管控，至3月18日新增病例均来自集中隔离点；9月疫情则因工厂聚集性传播特点，通过封闭管理高校、城中村等措施，654万份社会面核酸检测结果均为阴性。这些案例显示，尽管多数疫情可通过流调溯源锁定源头，但复杂传播链和隐蔽传播仍可能导致源头难以确定，凸显常态化防控中精准溯源与快速处置的重要性。