哈尔滨在疫情防控过程中经历过多次挑战，曾因防控漏洞导致聚集性疫情和院内交叉感染，副市长等18名党员干部和公职人员因此被追责问责，市委市政府还向省委省政府作出书面深刻检讨。2021年9月的疫情中，新增的15例确诊病例均在巴彦县，当时分析认为疫情风险接近厦门的一半，有希望在10天内得到控制，预估病例数可能在75例左右，若有意外也可能突破100例。而这轮疫情的病毒可能已传播超过20天，两名关联病例曾从菲律宾返回，经过14+14天隔离且核酸检测均为阴性后解除隔离，后来作为密接被发现，当时判断delta毒株的可能性较高。

随着防控措施的推进，哈尔滨在2021年12月经历7天时间切断疫情社会面传播，全域降为低风险地区，并有序恢复常态化疫情防控和生产生活秩序。恢复后，从哈市域外抵返人员和离开本地人员须持48小时内核酸检测阴性证明、凭健康码绿码通行，各类商业门店、景区景点等也按规定恢复开放，同时继续严格管控大型聚集性活动，倡导节俭办喜事、办丧事。

对于哈尔滨疫情反复的原因，有观点认为与人们对新冠疫情的重视程度不够有关，觉得新冠只是新闻上的一个数字。在疫情防控中，哈尔滨不断总结经验，持续落实扫码、测温、戴口罩等防控措施，压实各方责任，以巩固疫情防控成果。