重庆大学城在疫情期间曾因突发确诊病例启动快速防控。2022年3月11日17:20，当地确诊病例报告后，周边高校、企业和街道在1小时内完成紧急响应，包括学生召回、全员核酸检测等措施，部分区域通宵开展防控工作。同年8月，沙坪坝区作为大学城核心区域，在18日新增5例本土确诊病例和1例无症状感染者，当时重庆全市现有本土确诊26例、无症状感染者30例，疫情防控压力显著。

校园管理方面，疫情期间大学城多数高校实施封闭措施，这一政策自疫情初期逐步形成并延续。有学生反映，封闭管理存在明显的差异化执行：中国学生需严格遵守出入限制，而教职工、留学生及家属区人员可相对自由进出，被质疑为"形式主义假封闭"。这种管理模式引发学生对正常生活学习需求的不满，包括就医、实习、科研等活动受限，部分学生甚至采取翻墙、伪造出入证等方式出入校园。尽管2023年后疫情防控政策调整，截至2025年3月，大学城部分高校仍未完全对外开放，访客需通过严格审批，校友家属也被限制入校。

这种长期封闭管理不仅影响学生的校园体验，还导致学生与校方的信任隔阂。有观点认为，高校将防疫责任过度转嫁给学生，牺牲学生权益以规避管理风险，这种做法可能对高等教育长期发展产生负面影响。如今疫情形势变化，如何在保障安全与恢复校园开放之间找到平衡，仍是重庆大学城及全国高校面临的共同课题。